TLDR: Eine Hand voll Shared-Hosting-Anbietern ist im Moment von einer Lücke im Zusammenhang mit Let’s Encrypts tls-sni-01 Challenge betroffen. Wir nicht. Warum steht weiter unten.
Let’s Encrypt unterstützt neben der bekannten http-01 Challenge (das ist die mit den wunderschönen /.well-known/acme-challenge/evaGxf...-URLs) auch andere Validierungsformen wie dns-01 (involviert “Magic”-Records im DNS) und auch tls-sni-01. In diesem Fall findet die Validierung im TLS-Protokoll selbst, noch vor HTTP statt. Dazu müssen spezielle, selbst-signierte Zertifikate ausgeliefert werden. Die von euch, die das genauer interessiert: hier geht’s lang zum Standard-Dokument.